[学术动态]
复旦、云大、兰大互花米草合作研究系列进展(第17期):Plant Communications:基因组和表型特征为一种全球入侵植物的广泛适应性提供新视角
互花米草具有较高的盐分泌效率,可以通过盐腺清除过度吸收的盐分(图1A)。这一特性使得米草属物种对海岸带生态系统的潮汐和盐胁迫具有较高的适应性。此外,相对于原产地而言,互花米草在入侵地往往进化出适应性表型性状。为了解析互花米草入侵的进化机制与遗传基础,该研究对互花米草进行了染色体水平的基因组组装。通过对互花米草的基因组进行系统解析发现,大部分蛋白质编码基因分布在染色体末端的端粒区域(图1B)。相比之下,Copia和Gypsy等重复序列则主要聚集在着丝粒区域。GC含量在所有染色体上都保持着相似的分布模式(44.95%)。另外,通过对互花米草、水稻、玉米、竹子、短柄草、香蕉、葡萄和拟南芥的蛋白质编码基因进行比较分析发现,在8个物种中共鉴定出28,028个基因家族,其中1,886个是互花米草特有的。在这些特有的基因家族中,分别有382个和8,728个基因经历了显著的收缩和扩张(图1C)。通过对互花米草特异性基因家族进行GO富集分析,发现了一些与适应相关的途径,比如耐盐性(海藻糖生物合成)、有性生殖、茎尖分生组织特性的维持等。其中,扩张基因家族功能主要涉及耐淹和耐盐性(即对活性氧的响应、细胞氧化