生物多样性与生态工程教育部重点实验室由国家教育部直属重点大学及“211工程”、“985工程”重点建设高校复旦大学和北京师范大学联合创立，于2000年6月获准建设，2005年8月30日通过验收，2010年通过教育部重点实验室评估。

实验室围绕生物多样性的维持机制、濒危物种保育与可持续发展、进化与生态基因组学、生物入侵的机制与防御、植物种质资源与生物安全评价、湿地生物多样性的保护与恢复重建以及全球变化对陆地碳通量的影响等方向开展多学科交叉研究，立足国际生态学发展前沿，以具有国际影响的原创成果为科学发展目标，紧密结合国家生态建设、生物安全及可持续发展的战略需求，重点开展生物多样性维持与保育方面的基础与应用基础研究，为维护我国生物多样性国家主权、生物多样性的保育与持续利用提供科学决策依据，将实验室建设成为世界知名的生物多样性科学研究与人才培养基地。

本实验室已成为在国内外学术界具有重要影响力的生物多样性科学研究基地。在2005年及2010年生命科学领域教育部重点实验室的两次评估中均有较好评价。