1996年，复旦大学率先在我国建立了以“生物多样性科学”为学科定位的研究机构——生物多样性科学研究所。2000年，我所联合北京师范大学成立“生物多样性与生态工程教育部重点实验室”，并在2010年的教育部重点实验室评估中获得了位列小组第一的佳绩，在2016年教育部重点实验室评估中取得了“优秀”的评级。依托本研究所的生态学专业于1999年和2011年分别被批准为二级学科和一级学科博士点，2002年被批准为国家级重点学科，在2012年教育部进行的第三轮学科评估中，本所的生态学一级学科排名全国第三，2016年第四轮学科评估中评级为A-；2004年成立了我国第一个生态与进化生物学系；2012年设立生态学博士后流动站。

目前复旦大学生物多样性科学研究所拥有一支由24人组成的核心师资队伍，包括教授14名，副教授5名，讲师2名，实验员3名。其中，杰青基金获得者2名、教育部新世纪人才5名。近年来承担了多项“973”研究计划课题、科技支撑、转基因重大专项等国家及省部级项目；在Nature、Science、PNAS、Ecology等国际顶级学术刊物上发表了一系列重要论文，研究成果进入全球ESI的1%排行榜，已经成为国内外生态学领域具有重要影响力的研究机构。

生物多样性科学研究所拥有生态系统生态学、入侵生态学、遗传多样性与进化、资源生物学、土壤生态学、遥感与地理信息系统、化学生态学等实验室，以及“上海崇明东滩湿地生态系统定位研究站”和教育部“上海崇明东滩河口湿地生物多样性与生态系统野外实践教育基地”，具有完善和先进的生态学研究的设备、设施。

十多年来，生物多样性科学研究所瞄准国际生态学发展的前沿，围绕国家战略需求，将生态学与基础生物学、环境科学、地学、信息科学、自然资源学等进行结合，开展多学科综合研究，在生物多样性丧失与维持机制、外来种的入侵机制与控制对策、作物野生近缘种及其基因多样性的持续利用、转基因作物释放的生态风险、海滨（河口）湿地生态系统结构与功能、环境变化的生态系统后果与区域生态安全等研究领域形成了鲜明的特色。