复旦大学生物多样性科学研究所(Institute of Biodiversity Science, Fudan University, 简称IBSFU)成立于1996年; 曾任所长有陈家宽教授和李博教授; 现任所长为吴纪华教授。拥有生态与进化生物学系及多个研究和教学平台, 包括生物多样性与生态工程教育部重点实验室(与北京师范大学联合)、上海崇明东滩湿地生态系统国家定位观测研究站和教育部上海崇明东滩河口湿地生物多样性与生态系统野外实践教育基地等。现有教授/研究员17名、副教授/副研究员7名, 其中中组部专家2名、专家2名、“杰出青年基金”获得者1名、教育部新世纪人才6名。通过二十多年的建设, 研究所已成为一个实力雄厚的科研基地和教学中心。2004年以来, 研究所举办了14届面向全国研究生的“复旦大学生态学暑期高级讲习班”, 为培养我国进入新时代、有国际视野的大批生态学人才做出了重要贡献。复旦大学的“Environment/ Ecology”学科进入国际ESI排名的前0.5%, 在第三、四轮全国一级学科评估中名列前茅。